Hun ble innlagt på Rutledge-asylet, og prøvde å takle problemene ved å la tankene ta henne med til fantasiverdenen Wonderland. Nå, ti år etter, skal hun endelig løslates, men hun bærer fremdeles på ballasten fra den tragiske hendelsen.

I Alice: Madness Returns blir Alice sluppet ut av mentalinstitusjonen for å bli tatt vare på av en psykiater i London. Mens marerittaktige hallusinasjoner fremdeles hjemsøker henne og invaderer virkeligheten, prøver hun å forstå hva som foregår for å bli frisk. Men hun er ikke i stand til å takle frykten og nevrosene som forårsakes av de merkelige minnene, drømmene og visjonene. Og når hun flytter til London, blir de bare flere og mer intense.

Kanskje hun klarer seg bedre i Wonderland. Det har alltid vært bedre der. Hun drar dit for finne det den virkelige verden ikke kan gi henne: trygghet, kunnskap og informasjon om fortiden. Men mens hun har vært borte, har det skjedde mye med Wonderland. Noe har gått forferdelig galt, og nå truer onde krefter det som en gang var hennes kjære tilfluktssted.