På en liten øy i Great Sea våkner en ung gutt på bursdagen sin uten noen idé om eventyret som venter ham. Når Links søster blir kidnappet og fraktet til Forsaken Fortress setter han ut for å redde henne sammen med piraten Tetra og mannskapet hennes. I det han skal til å redde sin elskede Aryll blir Link kastet ut i havet hvor han møter King of Red Lions, en vis båt som snakker om de legendariske Pearls of the Goddesses. Sammen seiler de rundt på Great Sea på et kritisk oppdrag for å redde verden fra mørket.

Grip om Wind Waker, en magisk taktstokk med kraften til å kontrollere vinden, og sett ut på et uforglemmelig eventyr. Takle grotter som er fylt med finurlige puslespill og fryktelige monstre, og samle nyttige redskaper som vil hjelpe Link på hans oppdrag for å beseire Ganondorf.